Pochodzący z XIV wieku Kościół św. Jana w Gdańsku, jest jednym z większych ceglanych kościołów gotyckich w Europie. Jako jedyny kościół w Gdańsku, nie został odbudowany po II wojnie światowej.
Do 1989 roku właścicielem obiektu był Skarb Państwa. Na skutek błędnych decyzji przez kilkadziesiąt lat kościół popadał w ruinę.
W 1995 roku na mocy umowy z Archidiecezją Gdańską Nadbałtyckie Centrum Kultury w Gdańsku stało się gospodarzem kościoła. Od tego czasu zarządza jego odbudową oraz prowadzi we wnętrzu działalność kulturalną.

W latach 90., pod zarządem NCK, wykonano niezbędne prace ratownicze i zabezpieczające, jednak stan techniczny kościoła wciąż wymaga interwencji, aby zapobiec jego dalszej degradacji.

Kiedy w 1995 roku utworzone zostało biuro odbudowy kościoła, natychmiast podjęto prace zabezpieczające konstrukcję.
Dotychczas wykonano następujące prace:
•    wzmocniono fundamenty,
•    wykonano ratunkowe prace konserwatorskie przy polichromiach i kamiennym ołtarzu,
•    zrekonstruowano 16 okien maswerkowych,
•    zrekonstruowano kamienną posadzkę z umieszczonymi w niej płytami nagrobnymi,
•    zamontowano nowoczesne ogrzewanie podłogowe (taki sam system zostanie wykonany w części zachodniej, przykryją go płyty odnalezione w trakcie zeszłorocznych badań archeologicznych),
•    na zewnątrz poddano konserwacji część południowej elewacji od ulicy Świętojańskiej, na której odkryty został oryginalny fryz gotycki.

Wykonane prace pozwoliły udostępnić kościół artystom i publiczności. Dzięki ogromnemu wysiłkowi Nadbałtyckiego Centrum Kultury, jak i innych instytucji i organizacji Pomorza, miejsce to stało się rozpoznawalne na kulturalnej mapie regionu, kraju i Europy. W niepowtarzalnej atmosferze wnętrza kościoła Św. Jana odbyło się wiele ważnych wydarzeń kulturalnych - liczne koncerty, pokazy, przedstawienia i wystawy.
Kościół jest również siedzibą Duszpasterstwa Środowisk Twórczych. Co niedzielę odbywają się tu msze, gromadzące ludzi kultury i sztuki.