Kościół św. Jana powstał w XIV i XV w. W następnych stuleciach, użytkownicy wyposażyli kościół w dzieła sztuki najwyższej jakości. Niestety budynek wzniesiono na zbyt słabych fundamentach, co przez setki lat powodowało konstrukcyjne problemy.

Tragiczne wydarzenia 1945 roku doprowadziły do poważnego uszkodzenia konstrukcji. Szczęśliwie ocalała duża część wspaniałego wyposażenia. Do dziś we wnętrzu zachowały się między innymi: kamienny ołtarz, nagrobek Nataniela Schrödera i płyty nagrobne w posadzce. Inne dzieła dawnych mistrzów znajdują się w kosciołach, muzeach i innych instytucjach, przede wszystkim w Gdańsku, ale także w innych miastach i krajach.

NCK otrzymało budynek od Archidiecezji Gdańskiej na 30 lat z zadaniem uruchomienie Centrum św. Jana łączącego funkcję sali koncertowej, wystawowej, kongresowej. Obiekt pełni także funkcje sakralne; jest siedzibą Duszpasterstwa Środowisk Twórczych www.sw-jan.vn.pl

Budynek kościoła jest jednym z nielicznych już miejsc, które mogą pełnić rolę pomnika tragicznego momentu dziejów miasta, jakim była katastrofa 1945 roku.

Kościół Św. Jana, fot. J. Szczepański	Elphin, Dźwięki Północy 2004, fot. mat. NCK