W momencie powołania do życia NCK (1992 r.) Europa nadbałtycka stała przed wyzwaniami i możliwościami dla tej części świata niezwykłymi – zmiany, które wprowadził przełom lat 80. i 90. sprawiły, że Bałtyk – po raz pierwszy od lat – jawił się bardziej jako element jednoczący i fascynujący, niż jako źródło podziałów i niedostępności. Zaczęła się praca – również Nadbałtyckiego Centrum Kultury -  związana z poznawaniem, lobbowaniem oraz budowaniem wzajemnej ciekawości i zrozumienia. NCK stało się ważnym głosem w tej części Europy – poprzez realizowane projekty, potężną sieć kontaktów, współpracę z licznymi organizacjami kulturalnymi i artystami z regionu.

Rok 2004 i wejście do Unii Europejskiej nie tylko Polski, ale też Litwy, Łotwy i Estonii w znaczny sposób zmieniło sytuację i rozkład sił w basenie Morza Bałtyckiego – z jednej strony otwierała się dla nas Europa, z drugiej zaś stało wyzwanie związane z koniecznością kreowania nowej równowagi nad Bałtykiem.

W latach 2004-2009 Nadbałtyckie Centrum Kultury prowadziło Sekretariat Komitetu ARS BALTICA, od 1991 r. łączącego kraje nadbałtyckie w kulturalnej współpracy. Działalność ARS BALTICA koordynowana jest przez Komitet Organizacyjny składający się z reprezentantów państw członkowskich – wszystkich krajów leżących nad Bałtykiem. Rola Sekretariatu sieci jest nie do przecenienia – to za jego pośrednictwem odbywa się koordynacja wszystkich bieżących i statutowych działań – kontakt z operatorami kultury w regionie, przygotowywanie dwóch dorocznych konferencji ARS BALTICA, komunikacja wewnątrz sieci, prowadzenie i kształtowanie portalu internetowego (www.ars-baltica.net). Przyznanie NCK Sekretariatu ARS BALTICA to nobilitacja, ale też dowód zaufania dla instytucji – tym bardziej, że w 2007 r. Komitet Organizacyjny postanowił o przedłużeniu działania sekretariatu w Gdańsku na kolejną dwuletnią kadencję, aż do końca 2009 r.