Centrum św. Jana powstało w roku 1995 w wyniku porozumienia pomiędzy Nadbałtyckim Centrum Kultury a Archidiecezją Gdańską, właścicielem kościoła św. Jana w Gdańsku. Na mocy wzajemnych uzgodnień NCK zobowiązało się do zarządzania odbudową zniszczonego obiektu w celu uruchomienia w nim miejsca łączącego funkcję sali koncertowej i wystawowej.