CENTRUM ŚW. JANA W GDAŃSKU
Kościół św. Jana  w „dobrych rękach”. Jak Nadbałtyckie Centrum Kultury w Gdańsku podniosło z ruin gotycki zabytek
 

Czy 30 lat to długi okres czasu? Zależy dla kogo. Z punktu widzenia człowieka to sporo – mniej więcej jedna trzecia długości naszego życia – ale w historycznej perspektywie to raczej „mgnienie oka”. Dla kościoła św. Jana, o ponad 660-letniej historii, to zaledwie ziarnko piasku w klepsydrze, jednak w powojennych dziejach tej świętojańskiej budowli ostatnie 30 lat okazało się znaczącym przełomem. 

Kościół św. Jana, górujący w północnej części Głównego Miasta, przez 50 lat po wojnie był tragicznym przykładem tego, jak okrutnym i niszczącym kataklizmem jest wojna. I wtedy nastaje rok 1995,  pieczę nad zdewastowanym obiektem od Kurii Archidiecezjalnej przejmuje Nadbałtyckie Centrum Kultury w Gdańsku i w ciągu 30 lat podnosi z ruin gotycką świątynię, przywracając jej historyczne piękno i nadając nową funkcję (zgodnie z wolą właściciela) wyjątkowej sali koncertowej i wystawienniczej. Dzięki pracy wielu osób – projektantów, konserwatorów, budowniczych oraz decydentów, którzy przekazywali finanse publiczne na realizację  prac – obiekt ten, niczym mityczny feniks, odzyskał swój dawny blask i ponownie służy mieszkańcom Gdańska,  artystom i licznym turystom. 

Gotycki kościół św. Jana jest obiektem o bogatej historii – interesującej i obfitującej również w dramatyczne wydarzenia. Obiekt, którego budowa sięga połowy XIV wieku, do sierpnia 1945 roku pełnił funkcję sakralną. Podczas wojny i walk toczących się w Gdańsku w marcu 1945 roku kościół podzielił los zabudowy Głównego Miasta i uległ znacznemu zniszczeniu. Po wojnie, aż do roku 1991, był nieużytkowany i stanowił własność Skarbu Państwa. W tym okresie pojawiały się różne pomysły na wykorzystanie jego wnętrza – miało tu powstać m.in. muzeum scenografii albo filharmonia. Ostatecznie w roku 1991 obiekt przekazano Archidiecezji Gdańskiej Kościoła Rzymskokatolickiego. Natomiast w 1995 roku zawarta została umowa między nowym właścicielem i Nadbałtyckim Centrum Kultury – na jej mocy NCK powierzono odbudowę kościoła i jego adaptację na cele kulturalne. Umowę zawarto na 50 lat, zatem obowiązuje ona do 2045 roku.
Nadbałtyckie Centrum Kultury stanęło przed wielkim i pasjonującym wyzwaniem. Połączenie zabytkowego kościoła św. Jana z nową, współczesną funkcją profesjonalnego centrum kultury, było zadaniem niezwykle skomplikowanym, a równocześnie nowatorskim. Już na etapie tworzenia projektów, na decyzje dotyczące zakresu adaptacji zabytkowego obiektu duży wpływ miała świadomość historycznej wartości kościoła. Pracując nad powstaniem Centrum św. Jana – tak nazwaliśmy nowe, kulturalne „wcielenie” kościoła – nadrzędnym celem było dla nas pełne poszanowanie jego zabytkowej substancji. 
 

▶ KALENDARIUM

1357-1945 – funkcja sakralna
1945 marzec – zniszczenia wojenne
1945-1995 – obiekt nieczynny, własność Skarbu Państwa do 1991 roku 
1991 – przekazanie kościoła Archidiecezji Gdańskiej Kościoła Rzymskokatolickiego
od 1995 – obiektem zarządza Nadbałtyckie Centrum Kultury w Gdańsku

▶ Lata 1357-1945

Początki budowy kościoła sięgają roku 1357, kiedy w okolicy wieży i zachodniej części korpusu dzisiejszej świątyni położono kamień węgielny pod niewielką kaplicę. Budowlę posadowiono na podmokłych terenach dawnych łąk, które ówczesne władze Gdańska kupiły od Dominikanów. W ciągu pierwszego stulecia swojego istnienia, od roku 1357 do 1465, kościół przechodził liczne przekształcenia i rozbudowy. Jednonawowy obiekt z prezbiterium i dwiema kaplicami z trzeciej ćwierci XIV wieku w wieku XV przekształcił się w świątynię halową o kształcie architektonicznym nawiązującym do dzisiejszego. Zakończenie prac datuje się na lata 1463-1465 – wówczas w kościele wykonano sklepienia i ukończono budowę wieży. Do kościoła historycznie przylegały liczne przybudówki m.in.: duża zakrystia, kaplica św. Ducha, pomieszczenie biblioteki fundacji Zachariasza Zappio, dwie bliźniacze kamieniczki wzniesione w połowie XVII wieku przy południowej ścianie prezbiterium.
Do czasu zakończenia II wojny światowej obiekt pełnił funkcje sakralne: od XIV wieku działał jako świątynia katolicka, a po zwycięstwie reformacji w Gdańsku, od roku 1559, był czynną parafią ewangelicką. 

Historyczne wyposażenie kościoła św. Jana

Na przestrzeni wieków w kościele św. Jana zebrano bogatą kolekcję dzieł sztuki sakralnej. Do najważniejszych zabytków historycznego wyposażenia wnętrza należały: kamienny ołtarz główny wzniesiony w latach 1599-1612 przez Abrahama van den Blocke, nagrobek Nathaniela Schrödera z 1668 roku, organy główne i boczne, ambona, gotycka Grupa Ukrzyżowania z belki tęczowej, stalle gotyckie, kaplica chrzcielna, stalla Rady Kościoła oraz liczne epitafia, m.in. Jana Hutzingusa, Adelgundy Zappio i Wawrzyńca Fabriciusa.

W latach 1943-1944 niemieccy konserwatorzy pracujący pod kierunkiem Jakuba Deurera dokładnie zinwentaryzowali wszystkie zabytki ruchome kościoła. Następnie większość z nich ewakuowano do obiektów sakralnych w okolicach Gdańska. Dzięki temu zabytkowe wyposażenie świątyni nie uległo zniszczeniu w marcu 1945 roku. Po wojnie obiekty przechowywane były w magazynach, innych obiektach sakralnych, muzeach i urzędach. Od roku 2012 zaczęły powracać na swoje historyczne miejsce – do kościoła św. Jana. 

1945

W marcu 1945 roku kościół św. Jana spłonął, jednak w zasadniczym zrębie swoich murów ocalał. Zniszczeniu uległo wówczas wiele elementów architektonicznych: więźba dachowa, dach, wrota, okna i kamienna posadzka, kilka pól sklepiennych w prezbiterium i dwa w transepcie. Powstały liczne spękania i doszło do naruszenia konstrukcji obiektu. Wieża straciła latarnię, dach i całą wewnętrzną konstrukcję. Wypalone zostały barokowe bliźniacze kamieniczki przy ścianie prezbiterium.
 

▶ Lata 1945-1995

1945-1960
Po wojnie wykonano tylko niezbędne prace zabezpieczające budynek przed dalszą degradacją. W latach 1947-1948 położono dach nad korpusem nawowym. W 1948 roku ze względów konstrukcyjnych wzmocniono zewnętrzną przyporą ścianę wschodnią kościoła w jej północno-wschodnim narożniku. W latach 1951-1952 odbudowany został dach nad prezbiterium i transeptem. W roku 1958 arch. Jadwiga Habela – późniejsza profesor Politechniki Gdańskiej – opracowała Dokumentację historyczno-architektoniczną kościoła św. Jana w Gdańsku.

1961-1995 

W roku 1965 władze państwowe podjęły decyzję, że dalsza odbudowa kościoła będzie miała miejsce w kolejnej pięciolatce planu centralnego, czyli w latach 1965-1970. Zdecydowano również, by we wnętrzu obiektu umieścić lapidarium historycznych detali architektonicznych. W 1969 roku w kościele i na terenie zaułka przy elewacji północnej kręcone były sceny do serialu „Kolumbowie” w reżyserii Janusza Morgernsterna – można je zobaczyć w czwartym odcinku serii. W latach 1968-1970 odbudowano dach na wieży kościoła oraz przywrócono znajdującą się tam latarnię. W latach 70. prowadzone były prace przy wzmocnieniu fundamentów kilku filarów. Dalsze prace odbyły się w latach 80. – dopiero wtedy zrekonstruowano sklepienia zniszczone w 1945 roku. W maju 1986 roku jeden z ceglanych filarów w korpusie nawowym zawalił się. Podjęto wówczas decyzję o jego odbudowie, ale w konstrukcji betonowej. Niestety betonowymi kręgami obłożono wówczas pozostałe oryginalne filary w korpusie nawowym. W tamtym okresie otwory wejściowe i pozbawione przeszklenia maswerkowe okna nadal zabezpieczone były deskami.

W 1991 roku decyzją Wojewody Pomorskiego Macieja Płażyńskiego obiekt został przekazany Archidiecezji Gdańskiej Kościoła Rzymskokatolickiego. Z wnioskiem o przejęcie kościoła już w 1988 roku wystąpiła Diecezja Gdańska i ówczesny biskup Tadeusz Gocłowski. W latach 1991-1995 prace w kościele prowadziło powołane specjalnie do tego celu Stowarzyszenie Odbudowy Gotyckiego Kościoła św. Jana. Członkowie Stowarzyszenia przeprowadzili głównie prace porządkowe, projektowe oraz zajmowali się poszukiwaniem możliwości pozyskania środków na odbudowę obiektu. W tym czasie wykonano prace w dawnej wielkiej zakrystii i Bibliotece ufundowanej przez Zachariasza Zappio. Od tego czasu zakrystia jest kaplicą, a dawne pomieszczenie biblioteki zakrystią. W tym okresie wykonano również prace budowlano-konserwatorskie w północnym oknie ściany wschodniej, gdzie po rekonstrukcji zniszczonego maswerku okno zostało oszklone.
 

▶ Okres od 1995 roku
 

1995-2007

W 1995 roku właściciel obiektu, Archidiecezja Gdańska Kościoła Rzymskokatolickiego, zawarła z Nadbałtyckim Centrum Kultury w Gdańsku umowę użyczenia kościoła św. Jana na okres 50 lat. Sygnatariusze zgodzili się w ten sposób, że w kolejnych latach NCK przeprowadzi odbudowę i konserwację kościoła oraz zaadaptuje jego wnętrza na cele działalności kulturalnej. Wojewoda Gdański, Prezydent Miasta oraz Ministerstwo Kultury zobowiązało się do finansowania prac.
W celu ich wykonania w NCK powstało Biuro Odbudowy Kościoła, a w prowadzone prace czynnie włączył się urząd Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków.
Prace rozpoczęto od usunięcia ton gruzu zalegających w przestrzeni kościoła, przeprowadzenia badań archeologicznych, pomiarów inwentaryzacyjnych oraz opracowania koncepcji konserwacji i aranżacji kościoła na centrum kultury. W tym czasie nastąpiły także pierwsze powroty historycznego wyposażenia ruchomego m.in.: krata bramy od strony ul Minogi, fragmenty ołtarza, rzeźby z belki tęczowej, czy oryginalny dzwon zegarowy z 1543 r. z wieży kościoła 
Najważniejszym zakresem prac, który należało wykonać w pierwszej kolejności było wzmocnienie fundamentów zabytku, których stan zachowania przez stulecia był przyczyną mniejszych lub większych awarii budowlanych.
Wzmocnienie konstrukcji fundamentów objęło wschodnią części obiektu, a prace wykonano metodą Soilcrete. Od tego czasu prowadzone są pomiary przemieszczeń elementów konstrukcji budynku.

Równocześnie rozpoczęto prace zabezpieczające i konserwatorskie we wnętrzu kościoła:
1996-1999 - odbudowa nagrobka Nathaniela Schrödera – przemurowanie i zabezpieczenie krypty oraz konserwacja elementów rzeźbiarskich
1996-1999 - pierwszy etap konserwacji ołtarza głównego obejmujący rekonstrukcję architektoniczną i rzeźbiarską
1996 r. – oczyszczenie i zabezpieczenie polichromii na ścianach i sklepieniach
1997-2003 – rekonstrukcja maswerków i przeszklenie okien w prezbiterium i transepcie
1998 r. – rekonstrukcja kamiennej posadzki kaplicy chrzcielnej
1996-1998 – odbudowa kamiennych schodów do biblioteki Zappio-Johanitanna i montaż historycznej balustrady
1997-2000 – ratunkowe prace konserwatorskie przy ścianach i sklepieniach z zabezpieczeniem fragmentów oryginalnych tynków i polichromii
1997 r. – prace w otoczeniu kościoła: prostowanie muru ogrodzenia zaułka od strony ul. Minogi, uporządkowanie piwnicy pod dawną zakrystią, przełożenie bruku w zaułku 
1996-2000 – rekonstrukcja posadzki w części obiektu obejmującej  prezbiterium i transept: konserwacja oryginalnych płyt nagrobnych, uzupełnienie posadzki płytami z wapienia olandzkiego oraz montaż ogrzewania podłogowego  
2002 r. – rekonstrukcja wrót w transepcie południowym i północnym
2004–2005 - prace konserwatorskie przy ceglanych filarach z zabezpieczeniem fragmentów oryginalnych tynków i polichromii
2006-2007 - rekonstrukcja maswerków i przeszklenie okien w korpusie nawowym (sześć okien)
2007 r. – prace konserwatorskie przy szczycie transeptu południowego, I etap prac konserwatorskich przy gotyckim krucyfiksie z gotyckiej Grupy Ukrzyżowania z roku 1482   
2008 r. – konserwacja elewacji południowej obejmującej prezbiterium i transept 
2007-2008 – opracowanie kompletnej dokumentacji obejmującej swoim zakresem wszystkie prace, jakie należy wykonać w obiekcie, aby przywrócić mu dawną świetność tj. prace konserwatorskie we wnętrzu i przy elewacjach oraz przy wieży, a także roboty budowlano-adaptacyjne i instalacyjne, które należy wykonać w celu uruchomienia profesjonalnego centrum kultury
Równocześnie pomimo prowadzonych prac w obiekcie odbywały się wydarzenia kulturalne, koncerty, przedstawienia teatralne i wystawy. Już wówczas Centrum św. Jana stał0 się ważnym punktem na mapie kulturalnej Gdańska. W omawianym okresie scena usytuowana była przy kamiennym ołtarzu.

Od 1998 roku w każdą niedzielę o godzinie 12.00 w kościele sprawowana jest msza św. dla Duszpasterstwa Środowisk Twórczych Archidiecezji Gdańskiej.
 

▶ Lata 2008-2012 

W roku 2008 rozpoczęła się realizacja projektu finansowanego z funduszy europejskich w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego dla Województwa Pomorskiego na lata 2007-2013 pod nazwą Rewaloryzacja i adaptacja kościoła św. Jana w Gdańsku na Centrum św. Jana – Etap I.

Dzięki przyznanemu dofinansowaniu z funduszy europejskich możliwa była intensyfikacja prac konserwatorskich, budowlanych i adaptacyjnych. Na etapie opracowywania projektu adaptacji kościoła dla potrzeb nowoczesnego centrum kultury podjęta została decyzja, by scenę wraz z niezbędną infrastrukturą usytuować w części zachodniej korpusu nawowego. Podyktowane to było świadomością, że ta część kościoła – w większym stopniu niż prezbiterium – pozbawiona została swoich wartości historycznych. Taki stan był oczywiście konsekwencją obetonowania sześciu gotyckich filarów po katastrofie budowlanej z maja 1986 roku. Co więcej, w tej części kościoła do 2009 roku nie odtworzono historycznej kamiennej posadzki – zamiast niej położono zbitą z desek podłogę, a mające tu swoje miejsce duże organy należące oryginalnie do wyposażenia kościoła po konserwacji w latach 80. XX wieku zamontowano w Bazylice Mariackiej w Gdańsku. W rezultacie, w adaptacji wnętrza kościoła nastąpił podział na strefę sacrum obejmującą prezbiterium z zachowanymi elementami historycznego wyposażenia kościoła (w tym z wyjątkowym kamiennym ołtarzem głównym) oraz strefę profanum w korpusie nawowym, gdzie usytuowana została scena. Betonowe filary umożliwiły montaż nowoczesnej infrastruktury niezbędnej dla działalności centrum kultury, takiej jak oświetlenie sceniczne czy nagłośnienie, bez naruszania zabytkowej substancji obiektu.

W ramach realizacji projektu wykonano:
2009-2012 - kompleksowe prace konserwatorskie obejmujące elewację południową i wieżę oraz całe wnętrze kościoła: ściany, sklepienia i filary wraz z kaplicą św. Ducha, kruchtą pod wieżą i kryptą rodziny Zappio
Podczas konserwacji ścian odkryto wiele ciekawych, niewidocznych do tej pory, malowideł pochodzących z różnych okresów funkcjonowania kościoła – zarówno średniowiecznych, jak i nowożytnych.
W trakcie prac konserwatorskich okazało się również, że oryginalne drzwi osadzone we wschodniej ścianie prezbiterium (prezentowane na wystawie) posiadają pod grubą warstwą kurzu i brudu  zachowaną kolorystykę i barwną dekorację, szczególnie interesującą od strony wnętrza. Wyniki badań dendrochronologicznych wykonanych na zlecenie NCK w grudniu 2023 r. wykazały, że czas powstania drzwi to około lub po 1458 r. !  a dębowe drewno z których są wykonane pochodzi z Litwy. To wyjątkowe, że te niewielkie, drewniane drzwi trwają nie przerwanie w tym wnętrzu od  567 lat pomimo burzliwych losów zabytku. 
2009-2010 - rekonstrukcja kamiennej posadzki w korpusie nawowym wraz z konserwacją płyt nagrobnych wydobytych w trakcie prac ziemnych i montażem ogrzewania podłogowego 
2010 r. - rekonstrukcja rzeźbionych wrót pod wieżą od strony północnej i południowej 
2011-2012 -  konserwacja elewację południowej obejmująca korpus nawowy i ścianę zachodnią elewacji południowej
2011-2012 -  kapitalny remont dachu kościoła i wieży 
W trakcie trwających prac udało się przywrócić znane z przekazów archiwalnych historyczne elementy charakterystyczne dla kościoła św. Jana. Po 189 latach na dachu obiektu zrekonstruowana została sygnaturka, a podczas konserwacji elewacji wieży odtworzono zniszczony w marcu 1945 roku zegar z czterema tarczami – każda z nich ma średnicę 4,20 m i jest dekorowana złoconymi cyframi i ozdobnym słońcem. Na transepcie południowym odtworzono zegar słoneczny.
2012 r. - konserwacja elewacji wieży
Po zakończeniu prac konserwatorskich do wnętrza kościoła powróciły bezcenne zabytki z jego historycznego wyposażenia:
2012 r. – epitafia: Adelgundy Zappio, Jana Hutzingusa, Wawrzyńca Fabriciusa, Tomasza Moviusa i Urlicha Kantzlera 
- obrazy z cyklu „Panny mądre i głupie”
- zwieńczenie stalli Snycerzy 
- rzeźby św. Katarzyny i Michała Archanioła
W ramach prac budowlano-adaptacyjnych w korpusie nawowym obiekt został wyposażony w nowoczesne urządzenia techniczne:
2010-2012 - scena oraz trawersy, na których zamontowane zostało  profesjonalne oświetlenie
   i nagłośnienie
-  widownia składająca się z obrotowych foteli
-  system zaciemniania gotyckich okien (16 elektrycznie sterowanych rolet)
-  sprzęt multimedialny 
-  lampy oświetlające wnętrze centrum
Na ścianie zachodniej wykonano dwie współczesne empory – dolną na potrzeby sceny oraz górną stanowiącą łącznik komunikacyjny pomiędzy wieżą a wnętrzem kościoła. 
Wnętrze wieży w całości zostało dostosowane do potrzeb centrum kultury – powstały tam profesjonalnie umeblowane i wyposażone garderoby dla artystów. Ponadto wykonano nowe instalacje elektryczne, teletechniczne, zamontowano nowoczesny system zabezpieczeń przeciwpożarowych i antywłamaniowych oraz system kamer. Pod posadzką kościoła umieszczono instalację grzewczą.

2009-2010 - odbudowa barokowych kamieniczek przy południowej ścianie prezbiterium oraz łącznik prowadzący do wnętrza kościoła
Kamieniczki stanowią przestrzeń dla zaplecza administracyjno-socjalnego Centrum św. Jana i zostały odbudowane z zachowaniem ich historycznego wyglądu. 
2010 r. – rekonstrukcja ogrodzenia wraz z dwiema bramami znajdującymi się od strony ulicy Świętojańskiej oraz kamienną figurą św. Jana Chrzciciela 
Ogrodzenie zostało odbudowane w oparciu o przekazy ikonograficzne z połowy XIX wieku.
Uroczyste otwarcie Centrum Św. Jana odbyło się 24 czerwca 2012 roku, a wydarzenie to uświetnił koncert Basi Trzetrzelewskiej. 
 

▶ Lata 2013-2015

W latach 2013-2015 kontynuowane były prace konserwatorskie przy elewacjach kościoła oraz jego historycznym wyposażeniu, które w tym okresie powróciło do kościoła.
2014-2015 -  konserwacja elewacji północnej kościoła
W trakcie tych prac konserwacji poddano jedno z najstarszych zachowanych okien w Gdańsku, które mieści się w Bibliotece Zappio-Johannitana przylegającej do północnej ściany prezbiterium. Okno wykonane zostało w latach 1680-1690 i składa się z 12 kwater dzielonych barokowymi słupkami. Dzięki temu, że pod koniec wojny zamurowano drzwi do biblioteki, pomieszczenie nie spłonęło, a drewniana konstrukcja XVII-wiecznego okna ocalała.

2013-2014 - do kościoła powróciły kolejne obiekty z historycznego wyposażenia: 
-  gotyckie stalle z końca XV wieku,
-  kaplica chrzcielna z 1669 roku, 
- epitafium pastora Jana Jakuba Cramera z 1659 roku
- stalla Rady Kościoła z 1672 roku. 
Wszystkie zabytki poddane zostały konserwacji.
 

▶Lata 2016-2020 

W roku 2016 rozpoczęła się realizacja II etapu projektu finansowanego z funduszy europejskich w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego dla Województwa Pomorskiego na lata 2014-2020 pod nazwą Rewaloryzacja i adaptacja kościoła św. Jana w Gdańsku na Centrum Św. Jana – Etap II.

2017 r. -  konserwacja elewacji wschodniej obiektu
Ściana wschodnia prezbiterium jest wychylona ok. 1 m od pionu, a odchylenie to nastąpiło w roku 1679. W wyniku prac konstrukcyjnych przeprowadzonych w latach 90. oraz konserwacji wykonanej w 2017 roku ściana jest obecnie bezpieczna i stanowi atrakcję turystyczną Gdańska. Konserwacja wschodniej elewacji zamknęła realizowany od 2008 roku proces renowacji wszystkich elewacji kościoła.
Zasadniczą częścią II etapu rewaloryzacji kościoła były prace konserwatorskie przy obiektach z historycznego wyposażenia, które od zakończenia II wojny światowej przechowywane były w magazynach. Te cenne dzieła sztuki szczęśliwie przetrwały pożogę wojenną dzięki ewakuacji przeprowadzonej w latach 1943-1944. 
2017 r. - konserwacja loży Cechu Żeglarzy z 1724 roku
w przeszłości wiele cechów rzemieślniczych fundowało dla swoich członków loże, stalle czy ławy, w których zasiadali oni podczas nabożeństw. W kościele św. Jana swoje loże posiadali m.in. kramarze, murarze, piekarze, bursztyniarze. Wojnę przetrwała w całości jedynie loża żeglarzy. 
2017 – 2019  - empora południowa
drewniana barokowa empora zdobiona cyklem obrazów wykonana została w latach 1622-1666. Pola balustrady ozdobione są obrazami o tematyce zaczerpniętej ze Starego i Nowego Testamentu – z 28 obrazów do dziś zachowało się 26. Obrazy dzielone są rzeźbionymi słupkami z przedstawieniami patriarchów, proroków, apostołów i ewangelistów. Do czasów obecnych zachował się komplet 31 słupków oraz dekoracyjne konsolki (60 sztuk), wisiory i gzymsy. 
2017 – 2019 organy boczne 
Wyjątkowym przedsięwzięciem tego etapu była odbudowa organów bocznych wraz z konserwacją zachowanego prospektu organowego. Bogato rzeźbiony i polichromowany prospekt organowy autorstwa Johanna Heinricha Meissnera, który przetrwał wojnę dzięki ewakuacji, zachował się w blisko 98%. Niestety sam trzydziestogłosowy instrument w czasie wojny pozostawiony został we wnętrzu kościoła i w 1945 roku uległ zniszczeniu pod ciężarem spadających sklepień. Instrument organów bocznych, wykonany pierwotnie przez organmistrza Johanna Friedricha Rhode w latach 1760-1761, został odtworzony w latach 2017-2019 na podstawie zachowanych opisów i przy użyciu materiałów zgodnych z techniką oryginału.
Prace konserwatorskie przeprowadzone zostały również przy kamiennych obiektach zabytkowych:
2016 r. - kamienne epitafium Johanna Storcha z 1628 roku
Johann Storch, kapitan polskiej piechoty morskiej, zginął w bitwie pod Oliwą w 1627 roku. Jego epitafium do czasów współczesnych zachowało się w złym stanie, dlatego w ramach prac konserwatorskich epitafium zostało oczyszczone, a luźne fragmenty scalone, uzupełnione zostały gzymsy oraz zrekonstruowane zostały brakujące elementy zdobnicze.
2018-2019 - ołtarz główny
Kamienny ołtarz wzniesiony w latach 1599-1612 w warsztacie Abrahama van den Blocke góruje w przestrzeni kościoła nieprzerwanie od ponad 400 lat. II etap prac konserwatorskich ołtarza przeprowadzony został w latach 2018-2019. Zakres tej renowacji obejmował przywrócenie dawnego wyglądu zabytku w oparciu o wyniki badań technologicznych zachowanych śladów polichromii i złoceń.
W ramach II etapu wykonane zostały także prace adaptacyjne i remontowe:
2019 r. - remont kamiennej nawierzchni w zaułku Zachariasza Zappio
2020 r. - zagospodarowanie poddasza obiektu
Tym samym Centrum św. Jana zyskało nową przestrzeń wystawienniczą, warsztatową. 
2020 r. – w  celu przybliżenia obiektu różnym grupom odbiorców przeprowadzono szereg działań zmierzających do zwiększenia jego dostępności, m.in.:
•    wykonano digitalizację obiektu (cyfrowa inwentaryzacja);
•    stworzono system informacji turystycznej w formie aplikacji mobilnej AR działającej we wnętrzu kościoła;
•    udostępniono online kolekcję zabytków oraz opracowano wirtualny spacer po Centrum św. Jana;
•    na bazie digitalizacji obiektu wykonano model 3D kościoła;
•    powstał system tablic informacyjnych poświęconych historycznemu wyposażeniu kościoła i dostosowany do potrzeb osób niewidomych i słabowidzących.
W grudniu 2020 roku zakończył się II etap prac rewaloryzacyjnych i adaptacyjnych. Tym samym, 75 lat od zakończenia II wojny światowej, ukończone zostało dzieło odbudowy kościoła św. Jana. 
Z okazji zakończenia odbudowy kościoła św. Jana, 14 listopada 2020 roku w Centrum św. Jana odbyła się światowa prapremiera stworzonej specjalnie na tę okazję kompozycji Leszka Możdżera na organy, chór i fortepian. Słowa do utworu zaczerpnięto z poematu Zjawienie Emilki... Jana Pawła Woronicza. Kompozycję wykonali Leszek Możdżer (fortepian), Andrzej Szadejko (organy) oraz chór kameralny 441 Hz pod dyrekcją Anny Wilczewskiej.

▶ Lata 2021-2025 

2021 r. - konserwacja nagrobka Nathaniela Schrödera (II etap)
-  konserwacja zachowawcza dwóch elementów z historycznego wyposażenia kościoła św. Jana – zwieńczenie loży cechu Piekarzy i loży cechu Murarzy  oraz kamiennej posadzki 
-  wykonanie oświetlenia iluminacyjnego zabytkowego wyposażenia Centrum św. Jana 
2022 r. – modernizacja oświetlenia scenicznego 
2023 r. – konserwacja ceglanych klatek schodowych w ścianie wschodniej prezbiterium oraz kamiennej posadzki w  kruchcie pod wieżą, modernizacja ogrzewania podłogowego oraz systemu nagłośnieniowego i multimedialnego 
2024 r. – konserwacja stalli gotyckich, rekonserwacja wybranych fragmentów elewacji prezbiterium, transeptu, korpusu i wieży (fryzy ornamentalne na elewacjach, tonda i glazurowane płytki na wieży  które w okresie kilkunastu lat uległy zniszczeniu w wyniku działania czynników niszczących przede wszystkim opadów atmosferycznych i dużego stężenia zanieczyszczeń)
2025 r. – bieżąca konserwacja zabytków z historycznego wyposażenia m.in. loża Żeglarzy,

Wyjątkowy, zabytkowy obiekt po kilkudziesięciu latach zapomnienia jest  ponownie otwarty i jest licznie odwiedzany przez gdańszczan, artystów, uczestników wydarzeń kulturalnych i turystów. 
Po prostu - Kultura w gotyckich murach !    

Środki finansowe pozyskane przez NCK na odbudowę i adaptację kościoła św. Jana w Gdańsku w latach 1995-2025 - 37 000 000,00 zł
Fundusze unijne -15 800 000,00  ( RPO dla Woj. Pomorskiego: lata 2008-2012 i 2016-2020)
Samorząd Woj. Pomorskiego - 14 080 000,00 (1999 – 2025)
Miasto Gdańsk - 5 810 000,00 (1995-2012, 2016-2020)
Budżet Państwa, Fundacja Współpracy 
Polsko-Niemieckiej - 750 000,00 (1995 – 1999)
Lotos - 560 000,00 (2013-2015)
Od 1995 r.  Nadbałtyckie Centrum Kultury zarządza Centrum św. Jana w Gdańsku.
Dyrektorzy NCK w latach 1995-2025:
  Maciej Nowak - 1995-2001
  Adam Hlebowicz - 2001-2003
  Arkadiusz Rybicki - 2003-2004 
  Lawrence Ugwu - 2004-2024
  Marta Szadowiak - od 01.10.2024.

Centrum św. Jana on-line
https://nck.org.pl/pl/centrum-sw-jana/aplikacja-mobilna
https://centrumswjana.actumwork.pl/ kolekcja zabytków on-line
https://nck.org.pl/pl/centrum-sw-jana/model-centrum-sw-jana
https://centrumswjana.pl/wirtualnyspacer/spacer.html